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세금·신고

중도 퇴사자 연말정산, 회사가 해주나요? 직접 하나요?

by 머니씨드 2025. 12. 10.
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연말이 되면 많은 분들이 “퇴사했는데 연말정산은 어떻게 해야 하나요?”, “회사에서 안 해주면 제가 직접 해야 하나요?”라는 문의를 하십니다. 연말정산은 재직자만의 절차처럼 느껴지지만 중도퇴사자도 반드시 챙겨야 할 항목이 있습니다. 특히 퇴사 시점에 따라 처리 방식이 달라지고, 누락되기 쉬운 공제 항목도 많아 꼼꼼한 점검이 필요합니다. 아래에서 퇴사자분들이 가장 궁금해하는 내용을 순서대로 정리해드리겠습니다.


1. 중도퇴사자의 시기별 연말정산 

퇴사 시점에 따라 연말정산을 회사에서 처리하는지, 또는 근로자가 직접 해야 하는지가 달라집니다. 기준은 간단합니다. 연말정산을 진행하는 시점(다음 해 1월)에 재직 중인가? 그리고 연도별 근로소득이 어디에 속하는가?입니다. 아래 기준으로 본인의 상황을 확인하시면 됩니다.

① 당해연도 1~11월 퇴사자 (회사 처리)

  • 회사는 퇴사한 근로자에 대해서도 해당 연도 근로소득에 대한 연말정산을 진행합니다.
  • 퇴사 시점 또는 회사 연말 일정에 맞춰 정산되며, 원천징수영수증을 반드시 받아야 합니다.
  • 퇴사 후 뒤늦게 제출한 의료비·교육비·기부금 등은 5월 종합소득세 신고나 경정청구로 추가 반영할 수 있습니다.

② 당해연도 12월 퇴사자 (본인이 직접 신고)

  • 연말정산 진행 시점에는 이미 퇴사 상태이므로 회사가 연말정산을 하지 않습니다.
  • 근로자는 다음 해 5월 종합소득세 신고를 통해 한 해 전체 소득을 직접 정산해야 합니다.
  • 단, 12월 급여 지급 시점에 재직 상태였다면 회사가 정산하는 경우도 있어 확인이 필요합니다.

③ 다음 해 1월 퇴사자 (전년도분은 회사 처리)

  • 다음 해 1월 퇴사하더라도, 전년도 근로소득에 대해서는 회사가 연말정산을 진행합니다.
  • 1월 퇴사 후 받은 급여는 다음 연도 소득으로 분리되므로 원천징수영수증이 연도별로 나뉘는지 확인해야 합니다.
  • 전년도 공제 누락분은 회사 정산 후 5월에 추가 신고할 수 있습니다.

④ 퇴사 후 이직자 (두 회사 소득 합산이 핵심)

  • 이전 회사와 최종 회사에서 받은 급여는 모두 합산하여 하나의 연말정산 결과로 계산해야 합니다.
  • 최종 회사에 이전 회사의 원천징수영수증을 제출하면 최종 회사에서 통합 연말정산을 진행합니다.
  • 회사 간 사정으로 통합 처리하지 않을 경우, 근로자가 5월 종합소득세 신고에서 직접 합산하여 신고해야 합니다.

핵심 요약

상황 처리 주체 특징
1~11월 퇴사 회사 정산 시점 기준 회사가 처리, 누락은 5월 신고
12월 퇴사 본인 회사 미처리 → 5월 종합소득세 신고
다음 해 1월 퇴사 회사 전년도 근로분만 정산, 1월 급여는 다음 해 처리
퇴사 후 이직 회사 또는 본인 두 회사 소득 합산 필수

2. 경정청구 또는 5월 종합소득세 신고가 필요한 경우

경정청구는 이미 납부한 세금이 과하게 계산되었을 때, 국세청에 다시 계산해 달라고 환급을 요청하는 절차입니다. 쉽게 말해,
연말정산이나 종합소득세 신고에서 빠뜨린 공제가 있을 때, 뒤늦게라도 돌려받을 수 있게 해주는 제도라고 이해하시면 됩니다.

퇴사자의 경우 특히 다음 상황에서 경정청구가 유용하게 쓰입니다.

  • 퇴사 시 회사가 연말정산을 하지 않아 공제를 놓쳤을 때
  • 의료비·교육비·기부금 등 공제자료를 제때 제출하지 못했을 때
  • 두 회사 소득이 합산되지 않아 세금이 잘못 계산된 경우
  • 부양가족 소득요건을 뒤늦게 잘못 적용한 것이 확인된 경우

경정청구는 최종 신고일로부터 5년 이내에 신청할 수 있으며, 홈택스에서 전자신청도 가능합니다. 신고를 잘못했다는 사실을 뒤늦게 알게 되어도, 이 절차를 통해 과다 납부한 세금을 돌려받을 수 있기 때문에 퇴사자에게 매우 중요한 절차입니다.


3. 자주 묻는 질문

Q. 퇴사 후 연말정산 환급금은 어디로 들어오나요?
회사 정산 시에는 회사가 등록한 계좌로 지급되고, 5월 신고 시에는 홈택스에 입력하는 개인 계좌로 환급됩니다.

 

Q. 알바나 단기근로도 연말정산 하나요?
주로 일용직은 연말정산 대상이 아니지만, 상용근로 형태라면 퇴사 시 연말정산 대상이 됩니다.

 

Q. 퇴사하고 건강보험·연금 지역가입자로 전환됐습니다. 공제받을 수 있나요?
근로기간 이후에 납부한 4대보험료는 연말정산 공제 대상이 아닙니다. 다만 근로 중 급여에서 공제된 4대보험료는 정상적으로 세액공제됩니다.

 

Q. 퇴사 전에 제출하지 못한 기부금이나 의료비는 어떻게 하나요?
회사 정산에 포함되지 않았다면 5월 종합소득세 신고 또는 경정청구를 통해 공제받을 수 있습니다. 증빙만 있으면 대부분 반영 가능합니다.

 

Q. 이전 회사 원천징수영수증을 못 받았습니다. 연말정산이 가능할까요?
가능합니다. 홈택스 ‘지급명세서 제출 내역 조회’에서 확인할 수 있으며, 최종 회사에 제출하거나 5월 신고 시 직접 합산하시면 됩니다.


4. 마무리

퇴사 시 연말정산은 처리 방식이 다양해 혼란스럽지만, 크게 보면 회사 처리 여부와 누락된 공제 여부만 정확히 파악하면 어렵지 않습니다. 가장 중요한 것은 원천징수영수증 확인과 공제 자료 점검이며, 누락이 있다면 5월 종합소득세 신고나 경정청구로 충분히 환급을 받을 수 있습니다. 지금부터 차근차근 준비하시면 불필요한 세금 부담을 막고, 받을 수 있는 환급도 놓치지 않으실 수 있습니다.


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